Клан Абураме.
Скрытая Деревня: Деревня листа
Классификация Дзюцу: Скрытые Техники
Члены клана: Абураме Шино, Абураме Шиби
Способности: Кикаичуу но Дзюцу
Самый необычный клан Конохи. Этот клан из Деревни Коноха известен способностью управлять насекомыми. При рождении члены клана разрешают жукам жить в их теле и питаться чакрой. Взамен жуки дают возможность управлять ими. Техники с жуками используются как в поиске и преследовании цели, так и как защитные и атакующие. Сами члены клана всегда носят черные очки и закрывают лицо до половины воротником одежды и капюшоном.

Клан Акимичи.
Скрытая Деревня: Деревня Листа
Классификация Дзюцу: Скрытые Техники
Члены клана: Акимики Чоджи, Акимики Чойза
Способности: Байка но Дзюцу
Этот клан из Деревни Коноха известен способностью изменять размер своего тела, увеличивая вес и превращаясь в шар. В этой форме сложно получить физический урон. Кроме того, достояние клана Акимичи - специальные пищевые пилюли трёх цветов, каждая из которых увеличивает во много раз силу, скорость и чакру пользователя. Но используются эти пилюли только в особо опасных моментах, так как они наносят так же огромный урон и телу пользователя, вплоть до смертельного исхода. Кроме того, символикой этого клана является бабочка, крылья которой появляются у использовавшего красную пилюлю в виде потоков чакры. Так же, во всех именах членов клана Акимичи содержится слово "Чо" - что, в переводе означает "бабочка".

Клан Фуума.
Местоположение: Страна Рисовых Полей
Классификация Дзюцу: Скрытые Техники
Члены клана: Фуума Араши,Фуума Ханзаки, Фуума Сасаме,Фуума Джигумо,Фуума Кагерой, Фуума Камакири
Способности: Чакра но Ито
В предыдущие годы Орочимару прибыл в Страну Рисовых Полей, чтобы сделать там Деревню Скрытого Звука. Клан Фуума был в тяжелом положении со времен предыдущей войны Зорота и Серебрянной Страной. Многие из клана решили присоединится к Орочимару взамен на его обещание возрождения и укрепления клана Фуума. Издавна клан считался потомком самого первого Шиноби Мудреца Рикудо, но это был всего лишь миф, но и в каждом мифе, есть реальные обстоятельства имевшие быть в жизни. Клан Фуума шел по тому же пути и учению, что и Рикудо Сенин, учение Нинщу.

Клан Хаку.
Местоположение: Деревня Тумана
Классификация Дзюцу: Родословные Техники
Члены клана: Хаку и его мать
Способности: Макьеу Хьеушоу
Сильнейший клан страны Тумана - клан Хаку (название самого клана неизвестно). Этот клан из Деревни Тумана был известен способностью превращать воду в разные формы льда. Геном клана Хаку заключался в совмещении стихии воды и ветра. В стране тумана часто проходили войны, в результате чего во всех неприятностях обвинили шиноби. Так как в войнах участвовали в основном люди с измененным геномом, то за ними начали охоту. Когда отец Хаку узнал о их способностях, то убил его мать и попытался убить его. Неизвестно живы ли другие члены клана.

Клан Хьюга.
Скрытая Деревня: Деревня листа
Классификация Дзюцу: Родословные Техники
Члены клана: Хьюга Неджи, Хьюга Хината, Хьюга Хизаши, Хьюга Хиаши, Хьюга Ханаби
Способности: Бьякуган
Этот клан из Деревни Листа известен способностью видеть потоки чакры у противника. Используя эту способность с другими техниками они могут перекрывать потоки чакры, лишая противника возможности использовать чакру для выполнения техник. Таким образом, ниндзя теряет способность использовать свою чакру для дзюцу. Такая большая сила привела к распрям внутри клана. В связи с тем, что эти глаза уникальны и дают такие необычные способности, клан стремится защитить и сохранить Бьякуган только внутри клана. Считая, что только прямые наследники достойны иметь это Додзюцу, главы клана стали накладывать запреты на тех, кто не являются прямыми. Таким образом, клан разделился на две ветви – главную, которая представляет сам клан, и побочную, которая обязана защищать главную и носить клеймо - проклятую печать. Проклятая печать наносится на лоб представителя побочной ветви клана. Она служит защитой секрета Бьякугана. Если член побочной ветви когда-нибудь предаст семью, попадет ко врагам или погибнет в бою, печать активизируется и уничтожит все секреты тела. Таким образом, члены побочной ветви вынуждены подчиняться воле членов главной. Глаза членов клана Хьюга отличаются от нормальных глаз человека. Радужная оболочка и зрачок едва различимы, так как имеют молочно-белый цвет. Сам зрачок по размерам больше, чем у большинства людей.

Клан Инузука.
Скрытая Деревня: Деревня листа
Классификация Дзюцу: Скрытые Техники
Члены клана: Инузука Киба, Инузука Тсуме, Инузука Хана
Способности: Шикьяку но Дзюцу
Этот клан из Деревни Коноха известен связями с собаками. Многие члены клана имеют собаку, которая выступает партнером и помогает в бою. Также члены клана могут использовать техники, чтобы получить способности подобные собакам.

Клан Кагуя.
Местоположение: Деревня Тумана
Классификация Дзюцу: Родословные Техники
Члены клана: Кагуя Кимимару
Способности: Шикотсу Мьяку
Клан Кагуя из Скрытого Тумана был известен их любовью к сражениям. Они не могли жить бес с сражений и однажды напали на ближайших соседей. Но они переоценили свои силы и весь клан был вырезан, выжил только один - Кимимару. Этот клан имел способность управлять костной структурой. Они могли создавать новые кости, изменять их количество, вынимать их и использовать как оружие. Такие кости были сильнее стали.

Клан Камизуру.
Местоположение: Деревня Камня
Классификация Дзюцу: Скрытые Техники
Члены клана: Камизуру Джибачи, Камизуру Куробачи, Камизуру Сузумебачи
Способности: Управление пчелами
В предыдущие годы клан Камизуру был очень влиятельным в Скрытом Камне. Во время войны они возглавили нападение на Коноху. На подходе к деревне их встретил клан Абураме. Тысячи погибли в том сражении, но победу одержал клан Абураме. Для клана Камизуру настали тяжелые времена. Спустя годы Джибачи, Куробачи и Сузумебачи отправляются в долину Бикочю, чтобы найти легендарного жука Бикочю. Это помогло бы им восстановить свое имя.
Три члена клана надеялись использовать Бикочю, чтобы определить месторасположение запрещенного свитка, содержащего секретные техники использования жуков. С его помощью они смогли бы использовать техники более высокого уровня и выполнять более сложные задания. В результате они получили бы более высокое положение в деревне и восстановили былое величие клана.

Клан Нара.
Скрытая Деревня: Деревня листа
Классификация Дзюцу: Скрытые Техники
Члены клана: Нара Шикамару, Нара Шикаку, Нара Ешино
Способности: Техники теневого захвата и удушения
Этот клан из Деревни Коноха известен способностью управлять своей тенью. Используя эту способность представитель клана может наложить свою тень на тень противника, тем самым взяв его под контроль. В таком состоянии цель повторяет все движения оппонента.

Сакон и Юкон.
Скрытая Деревня: Деревня Звука
Классификация Дзюцу: Родословные Техники
Члены клана: Сакон, Юкон
Способности: Соума но Коу
Члены "Четверки" Звука Сакон и Юкон имею способность управлять и изменять молекулы своего тела. Это позволяет им менять физические характеристики. Сакон, который первый упоминается в серии, фактически является комбинацией двух братьев - Сакона и Юкона. Братья делят одно тело на двоих. Когда Юкон входит во второй уровень проклятой печати, то он может вселятся в тело противника, убивая его изнутри. Вероятнее всего Сакон тоже может проделывать такой трюк.

Клан Учиха.
Скрытая Деревня: Деревня листа
Классификация Дзюцу: Родословные Техники
Члены клана: Учиха Саске, Учиха Итачи, Учиха Обито, Учиха Мадара и др.
Способности: Шаринган, Мангекью Шаринган
Само слово "Учиха" перевода, как такового не имеет, но созвучно с японским словом "учива", которое значит веер, который используют для раздувания огня. Этот клан из Деревни Коноха известен способностью копировать чужие техники и затем воспроизводить их по своему желанию. А также способностью использовать техник огня и еще тем, что основали Полицию Конохи, символом которой стал символ клана Учиха. Члены клана имеют способность изменить свои глаза, чтобы принять форму "Шаринган". Такими глазами они могут копировать движения тех, на кого смотрят. Это позволяет предугадывать действия противника.